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Jan Mankes wurde am 15. August 1889 in Meppel als Sohn von Beint Mankes, einem Beamten bei der Steuerbehörde, und Jentje Hartsuiker geboren. Er besuchte 1902 die weiterführende Schule in Meppel, brach die Schule jedoch ab, als die Familie 1904 nach Delft zog. Während dieser Zeit arbeitete er als Lehrling beim Glasmaler JL Schouten und absolvierte einen Abendkurs an der Akademie der Schönen Künste in Den Haag. Er begann, Vögel und Nester in den Dünen von Den Haag und Umgebung zu malen. Von 1909 bis 1915 lebte Mankes mit seinen Eltern in Het Meer, einem Weiler zwischen Heerenveen und den Dörfern Benedenknijpe und Bovenknijpe. Hier entwickelte er seine Liebe zur Natur weiter und schuf viele seiner besten Werke. Eines seiner Meisterwerke ist das Gemälde des Woudsterwegs. Er ging jeden Tag diese Straße gegenüber dem Haus seiner Eltern entlang nach Oranjewoud.
1913 lernte er in Bovenknijpe Anne Zernike kennen, eine Theologin und erste Pfarrerin der Niederlande. Er heiratete sie im Jahr 1915 und lebte danach eine Zeit lang mit ihr in Den Haag. Im September 1916 zogen sie nach Eerbeek in Gelderland, weil sie dachten, die waldreiche Gegend würde Mankes gut tun, der inzwischen an Tuberkulose litt. Während dieser Zeit lebte er auch fünf Monate in der Pension Carpe Diem in Nunspeet. 1918 wurde ihr Sohn Beint geboren, benannt nach Jans Vater. Mankes war sehr krank und verbrachte viel Zeit im Bett; Als es ihm etwas besser ging, arbeitete er ununterbrochen. Er starb 1920 im Alter von 30 Jahren an seiner Krankheit. Er wurde in Eerbeek begraben.
Mankes hinterließ ein Gesamtwerk von etwa 150 überwiegend kleinformatigen Gemälden, etwa 100 Zeichnungen und etwa 50 Druckgrafiken. In mehr als der Hälfte seiner Werke ist die Natur das zentrale Thema. Er malte auch Selbstporträts, Porträts (insbesondere seines Vaters, seiner Mutter und seiner Frau), Stillleben, Landschaften und Innenaufnahmen. Mankes stellte im Laufe seines Lebens zahlreich aus und genoss hohes Ansehen.
Anfangs malte Mankes vor allem dunkle Vögel in dunklen Farbtönen, später auch helle, vorwiegend weiße Tiere wie Hähne und Kaninchen. Der Haager Kunstsammler und Zigarrenfabrikant Aloysius Pauwels war sein Förderer und schickte ihm neben Materialien oft besondere Vögel, die er malen sollte.
Seine Arbeiten zeichnen sich insbesondere durch eine gewisse Stille aus. Richard Roland Holst bezeichnete Mankes 1923 als Hollands ruhigsten Maler. Diese Ruhe entsteht durch ausgewogene Kompositionen und dezenten Farbeinsatz sowie einen kaum wahrnehmbaren Pinselstrich.
Seine Werke wurden unter anderem im Scheringa Museum für Realismus ausgestellt. Seit dem Frühjahr 2015 ist die Mankes-Sammlung dieses Museums im MORE-Museum untergebracht, das sich im (erweiterten und vollständig renovierten) ehemaligen Rathaus von Gorssel in Gelderland befindet.