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Heyboer wurde in Sabang auf der indonesischen Insel Pulau Weh (nördlich von Sumatra, damals Niederländisch-Ostindien) als Sohn eines Maschinenbauingenieurs geboren. Fünf Monate nach seiner Geburt zog die Familie nach Haarlem, 1925 nach Delft, 1929 nach Voorburg und von 1933 bis 1938 lebte die Familie auf Curaçao. Es folgte ein Aufenthalt in New York. Heyboer wurde als Maschinenbauingenieur ausgebildet. Die Familie kehrte vor Ausbruch des Zweiten Weltkriegs nach Haarlem zurück. 1943 wurde Heyboer im Rahmen des Arbeitseinsatzes von den Deutschen verhaftet und in ein Durchgangslager für ausländische Zwangsarbeiter im Prenzlauer Berg (Berlin) überstellt. Ihm gelang die Flucht und er floh traumatisiert in die Niederlande, wo er in Vinkeveen untertauchte und landwirtschaftliche Arbeiten verrichtete. Nach dem Zweiten Weltkrieg ließ er sich in Borger nieder und veranstaltete 1946 seine erste Ausstellung in Drouwen. Im selben Jahr reiste er nach Haarlem und lernte dort seine zukünftige Frau Elsa (Puk) Wijnands kennen. Nach einer mehrmonatigen Reise mit Jan Kagie durch Südfrankreich im Jahr 1948 kehrte er nach Haarlem zurück und heiratete Elsa Wijnands, mit der er zwei Jahre später einen Sohn bekam[1], die sich jedoch 1953 entschied, sich von ihm scheiden zu lassen. 1951 wurde Heyboer aufgrund des Kriegstraumas für einige Zeit in die psychiatrische Klinik Santpoort in Bloemendaal eingeliefert. Im September 1956 heiratete Heyboer Erna Kramer, mit der er sieben Jahre lang zusammen blieb und eine Tochter bekam. 1961 ließ er sich in Den Ilp (nördlich von Amsterdam) nieder. Er kaufte dort ein Grundstück mit Kuhstall, das er im Laufe der Zeit mit allerlei Nebengebäuden erweiterte. Dort lebte er zunächst mit drei, später mit fünf Frauen. Heyboer zeichnete, malte und ätzte. Seine Frauen kümmerten sich um den Verkauf.