Heyboer werd geboren te Sabang, op het Indonesische eiland Pulau Weh (ten noorden van Sumatra, toen Nederlands Indië), als zoon van een werktuigbouwkundig ingenieur. Vijf maanden na zijn geboorte verhuisde het gezin naar Haarlem, in 1925 naar Delft, in 1929 naar Voorburg en van 1933 tot 1938 woonde het gezin op Curaçao. Daarna volgde nog een verblijf in New York. Heyboer werd opgeleid tot werktuigbouwkundige. Nog voor het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog keerde het gezin terug naar Haarlem. In 1943 werd Heyboer door de Duitsers opgepakt in het kader van de Arbeitseinsatz en overgebracht naar een Durchgangslager voor buitenlandse dwangarbeiders te Prenzlauer Berg (Berlijn). Hij wist te ontsnappen en vluchtte getraumatiseerd naar Nederland, waar hij in Vinkeveen onderdook en landarbeid verrichtte.
Na de Tweede Wereldoorlog vestigde hij zich te Borger en hield in 1946 in Drouwen zijn eerste tentoonstelling. In datzelfde jaar vertrok hij naar Haarlem en leerde zijn toekomstige vrouw, Elsa (Puk) Wijnands, kennen. Na een tocht van enkele maanden met Jan Kagie in 1948 door Zuid-Frankrijk keerde hij terug naar Haarlem en huwde Elsa Wijnands, met wie hij twee jaar later een zoon zou krijgen[1] maar die al in 1953 besloot van hem te scheiden. In 1951 werd Heyboer enige tijd ten gevolge van het oorlogstrauma opgenomen in het psychiatrisch ziekenhuis Santpoort te Bloemendaal. In september 1956 trouwde Heyboer met Erna Kramer, met wie hij zeven jaar zou samenblijven en één dochter kreeg. In 1961 vestigde hij zich in Den Ilp (ten noorden van Amsterdam). Hij kocht daar een stuk land met een koeienstal, die hij in de loop der tijd uitbreidde met allerlei bijgebouwen. Hij leefde daar aanvankelijk samen met drie, later met vijf vrouwen. Heyboer tekende, schilderde en etste. Zijn vrouwen zorgden voor de verkoop.